В настройках устанавливается несколько путей, вероятно вы установили для торрентов, т. е. файлов где обозначен путь к контенту который качаете. Лично у меня папка куда скачивает настраивается как "Перемещать завершенные загрузки в" , если на диске С у вас совсем мало места, то нужно еще изменить "Помещать новые загрузки в". "Помещать новые загрузки в" - это там где хранится файл до того как совсем закачается.
Наглядно и подробно, по шагам, всё, что связано с Торрентом, загрузками, настройками и так далее, можете посмотреть тут : windows-ten.ru/how-use-torrent/ всё очень доступно и по-русски главное)