Клиенты подсоединяются через промежуточный сервер хамачи, организуя что-то вроде VPN туннеля для обмена данными. При такой схеме проброс портов просто не нужен, т. к. используется промежуточный сервер и текущее подключение к нему со стороны клиента, а не как в других случаях Клиент-Клиент
Комп--->Хамачи-Сервер<---Комп.
UPD:
Добавлю в ответ из своего комментария
P2P соединение (без промежуточного сервера) идёт когда хотя-бы у одного клиента (между которыми идёт обмен) будет использован UPnP.
Если оба клиента за NAT н-р и UPnP не используется, то включется постоянная схема клиент->хамачи-сервер<-клиент (которая конечно медленнее)
Подробнее по UPnP:
Н-р:
[ссылка заблокирована по решению администрации проекта] Ну или вики:
http://ru.wikipedia.org/wiki/UPnP