Начисляются ли премия и уральский коэфф-т на доплату за совмещение (работал за своего начальника, пока тот в отпуске)?

Да, конечно

Начисляется премия или нет за совмещение - это желание работодателя, а не обязанность, которая может быть прописана в трудовом или коллективном договоре ином документе Вашей компании. По закону коэффициента на доплату нет.

Если сотрудник исполняет обязанности временно отсутствующего сотрудника без освобождения от своей основной работы, сумму доплаты установите в трудовом договоре с учетом содержания и объемов работы (ст. 149, 57 ТК РФ) . Размер этих доплат может быть любым (ст. 151 ТК РФ) .

Если сотрудник переводится на должность отсутствующего сотрудника и его согласие при этом не требуется, его труд оплатите по выполняемой работе, но не ниже среднего заработка по прежней работе (ч. 3 ст. 72.2 ТК РФ) .

Перед тем как замещать кого то Вы должны были подписать соглашение основному договору, где прописано, на какой период совмещение, порядок оплаты и обязанность. Естественно приказ.