Почему в русском языке так "обидели" букву Ы?

Никто её не обижал, так сложилось исторически.
Ы — В старо- и церковнославянской азбуках буква Ы носит название «еры» , смысл которого неизвестен, но явно родственное названиям букв «еръ» (Ъ) и «ерь» (Ь) . В древнейших формах глаголицы и кириллицы буква Ы, вероятно, отсутствовала; в более поздних она построена механическим объединением знака для Ъ или Ь со знаком І или И.
В русском языке отсутствуют лексически значимые слова, начинающиеся с буквы «Ы» : с "ера" в русском языке слова не начинались, вот и с Ы нет.
Современная форма с конца XIV века проникла в русские рукописи из рукописей балканских (южнославянских) . Обозначаемый буквой «ы» гласный ɨ был ещё в праязыке славян. Зачастую происходит из длительного звука *ū [uː], что объясняет чередование ы/ов, ы/у и т. д. : крыть — кров, слы́шать — слу́шать
.Буквами Ы и И после большего числа согласных отражается такое фонетическое явление, как смягчение согласных: следи — следы, бить — быть, грози́ — грозы́, вить — выть, .
• После мягких и твёрдых шипящих в сочетаниях ШИ, ЧИ, ЖИ, ЩИ применяется не Ы, а буква И, так как в древние времена шипящие произносили мягко и после них писались лишь мягкие гласные, правда, уже тогда от этого стали отступать.
Позже, в ряде случаев, после шипящих начали писать Ы (чтобы отличить схожие, но разные по смыслу формы слов) . Написание шипящих с И было всегда основным; основным стало оно и в русском языке. Отступление от этих правил допускаются в иноязычных названиях и именах: Чыонг Тинь, Жылыойский район, Шымкент.
• После Г, К, Х, гортанных согласных, бывающих как мягкими, так и твёрдыми, Ы все же почти не пишется. Объяснение кроется в истории: в старину данные согласные смягчаться не могли; вернее, вместо смягчения они трансформировались в шипящие (сто́льный —от стол, но, ве́чный — от век, пушно́й — от пух, дру́жный — от друг) либо свистящие (ср. с оборотами речи в ц. -с. : на воздусях ← воздухъ, во облацех ← облакъ либо (почить) в Бозе ← Богъ; подобное чередование осталось, к примеру, в склонении в украинском языке: мука — на муці, муха — на мусі, нога — на нозі,) и применялось исключительно с Ы.
Позднее в русском языке Ы в данной позиции переходит в И. Сейчас сочетания кы, хы, гы попадаются в просторечии и звукоподражаниях (Маркыч, Олегыч, Аристархыч, кыш, Кыся, гыгыкать) , или в заимствованных и вообще в разных иноязычных названиях и именах (акын, кок-сагыз, такыр, Кызыл, Мангышлак, Архыз) .
• Также лишь в звукоподражаниях Ы встречается в началах слов и после гласных, заимствованиях и именах собственных (ых, ыкать; Ыгыатта, Джайаыл, Хабырыыс, Ыджыдпарма, Суыкбулак, ынджера, ыр) , хотя в начале слова звук [ы] совсем обычен, если оно начинается на И, и без паузы следует за словом с окончанием на твердую согласную (Иван [Ы] ваныч, вот [ы] всё).
То же фонетическое явление, только на стыках приставки и корня отражено на письме (cыграть, подытожить, безымянный) , исключая иностранные приставки (напр. , постинфарктный, ср. - предынфарктный) , приставки на шипящие и гортанные (сверхизысканный, межигровой) и слово взимать со всеми его производными.
• Можно букву Ы после Й встретить лишь в транслитерации иноязычных имен и названий: Чыйырчык, Тайынша
• Вероятно, после Ь и Ъ буква Ы вообще не встречается (но, теоретически в транслитерации и транскрипции не запрещена) .