что делать если BIOS видит жесткий диск через раз.

проверить подсоединение жесткого диска (питание и DATA [SATA или IDE] кабель)

если там все нормально, то проблема в диске и стоит его поменять

Здесь наиболее вероятны 4 проблемы.
Первая: пропадает контакт в питающей колодке HDD. Устраняется банальным подгибанием контактов в питающей колодке.
Вторая: пропадает контакт в разъёмах информационных шлейфов. Устраняется это, либо их передёргиванием, либо заменой на новые.
Третья: не исправность самого контроллера HDD. Устраняется заменой HDD.
Ну и самая невероятная, БП настолько слаб, что тянет конфиг на пределе.

+ к уже сказанному - такие приколы бывают при проблемах с контроллерами дисков (читай - в материнке) , лечатся обычно её заменой, а на ранних стадиях покупкой дискретного контроллена дисков (в зависимости от материнки под шину PCI или PCI-E).