Работая по трудовой можно уйти на написание диплома и будет ли мне это оплачиватся, и имеют ли права мне отказать?

ст. 173 -177 ТК РФ.
Учебный отпуск, на основании справки-вызова, предоставляется работникам, обучающимся по заочной и очно-заочной (вечерней) форме обучения в учебном заведении имеющем госаккредитацию, при условии, что образование данного уровня работник получает впервые.
Учебный отпуск - это социальная гарантия, предусмотренная ТК РФ. Переписывать федеральные законы ни какие работодатели права не имеют. Если соблюдены все условия, прописанные в ТК РФ, то отпуск предоставить обязаны.