чем запустить md5 файлы

даемон тулс либо Ultraiso

блокнотом =) Это файл с контрольной суммой ( MD5 хэшем ) - http://open-file.ru/types/md5

Никак их не запускать. Их можно открыть в блокноте.
Это файл для хранения контрольной суммы от какого-то файла.