Как в 1с 8 выписать счет на предоплату (не счет-фактуру)

Зависит от конфигурации.

Читайте руководство пользователя или бухгалтера. Точно название не помню. Это книжка из комплекта с конфой иёт

Операции - документы - счет на оплату покупателю