Не запускается jar файл с помощью java ( черное окошко мигнет и исчезнет )

Во-первых, нужно посмотреть, какая Java-машина установлена, поддерживает ли она конкретный архив.
Во-вторых, это может быть какое-нибудь мобильное приложение и по идее без специальных танцев с бубном оно не запустится в консольном окне.
В-третьих, можнозапустить Far Manager, из-под него запустить java -jar <файл. jar> потом нажать Ctrl+O и посмотреть, что осталось в консольном окне после работы архива. Возможно, туда выпадут какие-нибудь exception, по которым уже можно понять, чего архиву не хватает.
В-пятых, возможно, просто нет точки входа в программу. Это же архив, поищи в нем что-то типа main(arg