Как разобрать слово ученье по составу?

При разборе данного слова по составу необходимо учитывать его фонетические особенности, в частности то, что в последняя гласная буква обозначает два звука, первый из который – согласный [й’] – сохраняется во всех его словоформах, следовательно, относится к основе, а второй звук – гласный – является окончанием.

Отглагольное существительное УЧЕНЬЕ по составу разбираем так:
◆ уч/е́нь/е [й’/э] – корень/суффикс/окончание; основа слова – учень [й] -.

Окончание и основу помогают выделить формы слов:
◆ учень-я [й’/а];
◆ учень-ю [й’/у];
◆ учень-ем [й’/у].

Выделить в основе данного слова корень и суффикс помогают однокоренные (родственные) слова:
◆ УЧёный;
◆ выУЧить;
◆ наУЧиться;
◆ УЧитель;
◆ УЧеник.

Морфемно-орфографический словарь портала udarenieru.ru так показывает состав слова УЧЕНИЕ:

В варианте УЧЕНЬЕ второй гласный суффикса полностью редуцирован, а потому суффикс -ЕНИЙ- (-ениj-) приобретает иной вид – -ЕНЬЙ- (-еньj-):