При внутри Российских рейсах, пассажиры проходят паспортный контроль?

Да. Все зависит от организации работы конкретного аэропорта, но, обычно, между регистрацией и службой безопасности ("звонком") проверяют паспорт и ставят отметку в посадочном талоне.