Как убрать пустое место вокруг иконки?

Иконка имеет размер меньше, чем вы устанавливаете. Насколько я знаю, средствами винды это не лечится.
Современные приложения имеют набор иконок разных размеров. Старые приложения или какие-то собранные дядей Васей на коленках обычно имеют значки не больше 32х32 и от этого никуда не деться. Единственное, что можно придумать - самолично нарисовать иконки, и прицепить их к ярлыкам на рабочем столе.