Продажа квартиры двумя собственниками. Каким должен быть договор и налоги?

В плане налогов нет никакой разницы-заключается ли один (как Вы называете тройственный) договор купли-продажи, или два разных (одного покупателя с каждым из сособственников)) договора. Имущественный налоговый вычет в виде 1 млн. предоставляется на ВСЮ КВАРТИРУ, следовательно на 1/2 квартиры вычет составляет 500 тыс. И нет никакой разницы-единый договор или два разных. Единственное исключение-продажа комнаты в коммунальной квартире, если право собственности на нее оформлено как доля квартиры (но этот случай-не Ваш)
Агент исходила из тех соображений, что заключение единого договора менее затратно (составление одного, а не двух договоров, один раз платить госпошлину за регистрацию, не нужно к каждому договору отказ сособственника от первоочередного права покупки) .
К сожалению, сделать уже ничего невозможно. Без добровольного согласия покупателей договор Вы уже не расторгнете. Попробовать его переписать, указав в нем не 1.5 млн, а 1 млн-Сбербанк скорее всего уже не позволит. Агенту Вашему нужно настучать по ушам-за плохую работу-такие нюансы нормальный агент должен знать (пусть отдает свои комиссы Вам, чтобы погасить налог-а это по 32 тыс на каждого собственника)
В таких случаях как Ваш я обычно прошу ипотечный банк занизить в договоре сумму продажи (Сбер неохотно, но иногда идет на это, если сумма выдаваемого кредита меньше 1 млн) или ищу покупателей без ипотеки, которые могут согласиться на указание в договоре меньшей суммы
Все-таки попробуйте, если кредит Вашим покупателям был меньше 1 млн (остальное-их личные средства), поговорить с банком и переписать сам договор (скорее всего он был в простой письменной форме-тогда просто изымается из Росреестра старый и вкладывается новый)