Квартиру которая давалась на под селении, у брата двухкомнатная, хозяин второй комнаты уже много лет неизвестно где нахо

Надо через суд признать отсутствующего соседа мертвым и подать документы на приватизацию.

Лично я ничего из Вашего вопроса не понял, хотя уже давно занимаюсь вопросами жилищного права.
Как может быть квартира "под селением", это какой-то бред полнейший. Не может квартира находиться под землей, под каким-то населенным пунктом.
Я бы Вам рекомендовал посетить очно адвоката или юриста в своем городе и получить у него консультацию.

так а он платит за комнату?

Если дом под снос, тогда вашему брату дадут новое жилье. Вторую комнату нужно получать через администрацию - платит сосед. не платит и т. д. решать на месте. Приватизация до марта 2013.

Насколько я поняла, вы являетесь собственниками одной комнаты. Собственник второй комнаты отсутствует. У вас есть желание стать соб-ми всей квартиры. ваш вопрос: как достичь желаемого ?
1 Идти к юристу, который составит иск в суд
2 В качестве приложения подготовить все копии квитанций по оплате коммунальных платежей
3 Справку о составе семьи ( 10 дней действует)
4 Заблаговременно найти подход к нужным людям в нужном месте

Если все это не успеете сделать, то можете рассчитывать на комнату в коммунальной квартире, так я полагаю

Им стоит подать в розыск на человека, который занимал вторую комнату. Если даже они его не найдут, то им дадут полноценные метры, полагающиеся на их семью.

Сейчас уже ничего не успеть. Признать хозяина безвестно отсутствующим, добиться передачи комнаты семье брата, приватизировать. Получат жилье метр в метр по своей комнате.