нужно ли оформлять журнал учета счетов-фактур, если в налоговом периоде у компании не было операций, попадающих под НДС?

каких счетов-фактур?
если к вам не поступали счета-фактуры, то журнал поступивших не надо.
а вот если у вас была деятельность, освобождаемая от НДС (ст. 149 НК РФ) , то НАДО!!! !
В соответствии с п. 3 ст. 169 НК РФ счета-фактуры выставляются на ВСЕ операции, в том числе на необлагаемые!!! !
если вы выдавали процентный заем, то пп. 15, п. 3, ст. 149 НК РФ это необлагаемая операция, а по п. 3 ст. 169 НК РФ на сумму процентов вы ОБЯЗАНЫ составить счет-фактуру и написать БЕЗ НДС, и зарегистрировать ее в книге продаж к колонке "продажи, освобождаемые от налога".

а как иначе вы будете подтверждать раздельный учет по НДС (п. 4 ст. 170 НК РФ)???