STALKER Тень Чернобыля. Обязательно ли убивать военных?

Конечно же нет! Военные всегда во врагах будут, только если играть с определёнными модами, они могут быть нейтральными, а так забей, и убивай их всех )

надо и даже нужно

Около моста постарайся на Кордоне не стрелять, плати

На Кордоне под разрушеным мостом можно и заплатить, но если их прибить, будут тоже некоторые плюсы (а у них не плохие пушки, которые новичку пригодятся и то, что они первые не стреляют может сыграть на руку) , а так ДА ОНИ ВСЕ ВРАГИ. Можно в принципе покапаться в конфигах и сделать их нейтралами и даже друзьями...