Как заполняется налоговая отчетность? Большими буквами писать или нет?

Если заполняете вручную, то все пишется только печатными буквами.
А почему бы Вам не установить бесплатную программу из интернета Налогоплательщик ЮЛ и не делать в ней всю налоговую отчетность?