PCI-E разных версий совместимы. Т. е. новая видеокарта будет работать в старом порту, как и старая видеокарта - в новом. Естественно, интерфейс будет обладать характеристиками более старой версии (отличаются разными характеристиками питания и пропускной способности)
http://ru.wikipedia.org/wiki/PCI_Express#PCI_Express_3.0 Варианта поменять материнку, чтоб поддерживала относительно новую PCI-E 3.0 и старые процессор и оперативку - НЕТ. На новой материнке с портом PCI-E 3.0 будет новый процессорный разъем (который, впрочем, еще может и будет совместим с Вашим процессором, я за непростой AMD-шной преемственностью не слежу) , и точно - слоты под относительно новую оперативку DDR3.
Если пропускная способность видеокарты не выше (или не намного выше) 5 гигабит/с на линию (т. е. теоретически 80 гигабит/с) , то ставьте на старый порт - разницы не будет. Если же пропускная способность видеокарты заметно выше 5 гигабит/с на линию (т. е. теоретические 80 гигабит/с - на практике, разумеется, меньше) , то либо смиритесь с тем, что видеокарта не будет работать "на полную мощность", либо смиритесь с необходимостью поменять как минимум оперативку на DDR3 и ищите материнку с поддержкой Вашего процессора (поиск в Никсе на данный момент - ничего нет).