Можно ли поставить на корпус с форм - фактором E-ATX, материнскую плату ATX форм - фактора?

Да, легко. Еще и место для кулеров останится :)

Размеры плат различных форм-факторов:
ATX: 305 мм × 244 мм (12″ × 9,6″)
XL-ATX: 345 мм × 262 мм (13,5″ × 10,3″)
ATX-EXtended: 308 мм × 340 мм (Server Board Format)
E-ATX: 305 мм × 330 мм (12″ × 13″)
EE-ATX: 347 мм × 330 мм (3.7" × 13")
Mini-ATX: 284 мм × 208 мм (11,2″ × 8,2″)
Micro-ATX: 244 мм × 244 мм (9,6″ × 9,6″)
Flex-ATX: 229 мм × 191 мм (9″ × 7,5″),
Mini-ITX: 170 мм × 170 мм (6,7″ × 6,7″)
Nano-ITX: 120 мм × 120 мм (4,7″ × 4,7″)
Pico-ITX: 100 мм × 72 мм (4″ × 2,8″)
Mobile-ITX: 75 мм × 45 мм (2.9" × 1.8")