можно переустановить windows чтобы все файлы и программы остались на месте?

Я думаю можно

глюки тоже останутся. не все, но некоторые

Если долго мучиться что нибудь получиться. Можно, но только надо очень хорошо знать устройство виндовс и программ. Да, если используются сертификаты или ключи шифрования то их сохранить нельзя.

да чаще всего бывает что прога по умолчанию кидает свои файлы на мои документы а ты возьми и в свойствах папки установи что она должна быть на диске д и тогда все останеться
можно воспользоваться мастером переноса настройки и параметров и снести их на флешку к примеру гиговую и тогда после переустановки будет все как раньше

win 98 - да XP - можешь попробовать - но наврядли.
Acronis - есть такая программка - для восстановления из бэкапнутого образи системного диска (и не только). Один раз поставил - периодически снимаешь бэкап и в случае краха - 5-7 минут и система в состоянии последнего бэкапа.
ну или Norton Ghost.
В общем пользуйся бэкапами и не будет у тебя таких вопросов.

Нужна специальная прога

можно, если все файлы и программы на другом диске ))

можно.
во время установки указываешь установить с сохранением существующих параметров.
А вообще, чтобы не боятся за сохранность файлов, нужно всегда хард разбивать на 2 части: для системы и для данных.
на диске c:\ ничего кроме программ быть не должно. Все остальное на диске d:\, даже папка Мои документы.

Даже при сохранении параметров многие проги приходится переустанавливать.
Или реестр копировать. Но тогда смысла в переустановке винды нет...