Обязательно ли в трудовой книжке отражать переименование структурного подразделения?

да

Если по официальным документам переименование прошло, то во избежании неразберихи потом, нужно отразить это в трудовой

Да обязательно.

вышестоящая организация переименовывает.... на основании такого то закона приказа это является основанием....

Основанием для переименования должен являться только приказ, а не штатное расписание. А указывать переименование в трудовой нужно обязательно для избежания в будущем неурядиц.

да! ) а не сделаете запись в трудовой книжке... у людей потом проблемы будут с подтверждением стажа..

Постановление Минтруда РФ от 10 октября 2003 г. N 69
"Об утверждении Инструкции по заполнению трудовых книжек"
3.1. В графе 3 раздела "Сведения о работе" трудовой книжки в виде заголовка указывается полное наименование организации, а также сокращенное наименование организации (при его наличии) .
Под этим заголовком в графе 1 ставится порядковый номер вносимой записи, в графе 2 указывается дата приема на работу.
В графе 3 делается запись о принятии или назначении в структурное подразделение организации с указанием его конкретного наименования (если условие о работе в конкретном структурном подразделении включено в трудовой договор в качестве существенного) , наименования должности (работы) , специальности, профессии с указанием квалификации, а в графу 4 заносятся дата и номер приказа (распоряжения) или иного решения работодателя, согласно которому работник принят на работу. Записи о наименовании должности (работы) , специальности, профессии с указанием квалификации производятся, как правило, в соответствии со штатным расписанием организации. В случае если в соответствии с федеральными законами с выполнением работ по определенным должностям, специальностям или профессиям связано предоставление льгот либо наличие ограничений, то наименования этих должностей, специальностей или профессий и квалификационные требования к ним должны соответствовать наименованиям и требованиям, предусмотренным соответствующими квалификационными справочниками.
Изменения и дополнения, внесенные в установленном порядке в квалификационные справочники, штатное расписание организации, доводятся до сведения работников, после чего в их трудовые книжки на основании приказа (распоряжения) или иного решения работодателя вносятся соответствующие изменения и дополнения.
3.2. Если за время работы работника наименование организации изменяется, то об этом отдельной строкой в графе 3 раздела "Сведения о работе" трудовой книжки делается запись: "Организация такая-то с такого-то числа переименована в такую-то", а в графе 4 проставляется основание переименования - приказ (распоряжение) или иное решение работодателя, его дата и номер.
Вообще-то на этой кафедре сами должны были Вам ответить на Ваш вопрос. Проведедите им внеочередную аттестацию на соответствие занимаемой должности.