„Матрица” - предназначение Нео.

Зачем нужен Избранный?

Архитектор: Ты [Нео] аномалия, которую я, несмотря на все свои попытки, не смог привести к математическому равновесию.

То есть – во-первых, появление Избранного неизбежно.
Во-вторых, Избранный это нерешенное системное уравнение, которое легко может привести к краху системы. Но Архитектор знает о существовании Аномалии и, следовательно, может ее контролировать, грамотно используя иллюзию выбора.

Архитектор: …[аномалия] ожидаемая, известная, а, следовательно, ее можно контролировать, что в итоге и привело тебя сюда.

Каждый Избранный, так или иначе, должен придти к Источнику. Каждый Избранный контролируется. Судя по словам Архитектора - это способ отвлечь аномалию от того, чтобы она не вышла из под контроля и не разрушила систему.

И вот здесь возникает законный вопрос – зачем необходим столь долгий путь для аномалии к Источнику?
Ну во-первых, логично, что аномалия должна перезагрузить Матрицу только в необходимый для Машин момент – до этого момента ее нужно чем-нибудь занять.
А во-вторых, правда ли ее путь столь долгий?

Архитектор: Твои пять предшественников были созданы с аналогичными условиями: … глубокой привязанностью к твоему виду, чтобы успешно исполнить функции Избранного.

Архитектор: …готов ли ты взять на себя ответственность в гибели каждого человеческого существа на Земле?

То есть Избранному нужно обязательно показать Зион, чтобы он узрел все мучения человеческого вида, привязался к людям и возжелал мочить гадких Машин. Следовательно, Избранного нужно обязательно вытащить из Матрицы. Далее, он должен некоторое долгое время пожить там, чтобы у него возникло чувство привязанности к людям. В дальнейшем Избранный должен найти Ключника. На этот поиск в «Перезагрузке» уходит по меньшей мере половина фильма, что и вызвало вопросы о длительности пути Избранного. А теперь задумаемся – Меровинген очевидный враг системы. Вполне вероятно, что в предыдущих версиях до Ключника было бы гораздо легче добраться, но в этот раз вышло так, что он оказался в плену у Меровингена. Не более. Случайность в мире Матрицы, которая вполне могла сорвать процесс перезагрузки. У Меровингена есть власть, а, следовательно, и выбор, так?

В действительности, если исключить пленение Ключника, путь Избранного видится мне так:
Отключение от Матрицы -> Осознание Избранности -> «Войнушка» с Машинами и жизнь в Зионе -> Получение от Оракула установки найти Ключника и отправится к Источнику -> Встреча с Ключником -> Ключник приводит Избранного у Источнику -> Встреча с Архитектором -> Перезагрузка Матрицы

Зачем перезагружать Матрицу и уничтожать Зион?
Варианты следующие:
1. Любая программа, так или иначе, требует улучшения и обновления. Избранный, как аномалия, может вызывать появление кучи багов и ошибок, которые впоследствии исправляются в новой версии Матрицы.
2. Следуя теории, что Матрица – это эксперимент над людьми – то перезагрузка Матрицы означает начало нового эксперимента. Вполне возможно, что Архитектор не посвящен в это – он лишь создатель.
3. Со временем в Матрице копится огромное количество ошибок, которые ведут к краху системы, а, следовательно, систему нужно перезагрузить.
4. Обычное обновление до новой версии. Вполне возможно, что оно происходит, скажем, каждые десять лет.
Заметьте кстати, что Меровинген встречал предыдущих Избранных.

Меровинген: ...Я пережил твоих предшественников – и тебя переживу!

Следовательно – при перезагрузке Матрицы программы не удаляются. Вполне возможно, что люди, подключенные к Матрице, также остаются живы и даже не замечают перезагрузки и продолжают жить, как жили.