конвертиheq этим (у него качество получше будет чем у Format Factory.)
http://www.softportal.com/get-5787-any-video-converter-free.html тоже в МР4 и кодеком Н264 в 2 прохода по такому принципу
http://www.youtube.com/watch?v=3-D_A3E2WII только тебе сжимать его не нужно так что битрейт ставь такой же или чуть больше чем в исходном чтоб качество не потерять