Хочу записать музыку на диск, чтобы слушать в машине. Какой формат файла нужно выбрать?

тот который поддерживает ваш проигрыватель

мрз и прожиг поменьше поставь при записи

в машине сд-ром или мр3 тоже читает?
т. е. узнай какой сидюк в машине! под такой формат и катай.

Мы же не знаем какая магнитолла, я слушаю dvd audio и flac

Все зависит от аппаратуры установленной в вашем авто.