Есть три способа
Первый - скрыть все слои кроме нужного и выполнить команду
Второй - загрузить выделение по контуру слоя и выполнить команду Crop (см. картинку выше)
Третий - выполнить скрипт Export Layet to Files с указанием обрезки ненужных частей.