Почему 21 век начался с 2001 года, а не с 2000-го?

Секундомер начинает отсчет не с нуля, а
как только стрелка отходит от нуля, начинается отчет.

Секундомер начинает отсчет с нуля, а какая секунда перед этим была последней? 60-ая! А не 59-ая. А раз пошел отсчет, то это уже первая секунда, а не нулевая!

Правильно рассуждаешь, и по хорошему так и надо считать, т. е. 21 век с первой секунды 2000 года.
Но у нас летоисчисление как бы в обратную сторону смотрит, т. е. начинается с 0-го а не с первого, т. е. фактически когда наступило 00:00 31 декабря 1999-го года, это прошел уже 2000 год а не 99, НО у нас был добавлен год 0-й, который как бы двигает 1000 лет на год вперед

В хронологии 2000 год - 100-й год ХХ или нулевой год ХХI века. А вообще, как утро начинается с рассвета, так и всякий "натуральный счёт" начинается с единицы. По этой логике и дни месяцев должны были начинаться с нуля (впрочем, в хронологии и это есть. Скажем, 31 марта - это одновременно 0 апреля). Бывают ли в классах или группах нулевые ученики или студенты? С физическими величинами дело обстоит несколько иначе.