по роману Пьюзо:
В 1964 Том Хейген возвращался в отель в Маями. Ник Джерачи, который прятался на заднем сидении его машины заставил Тома свернуть на болото, после чего вырубил его ударом пистолета по голове. Когда он очнулся, то понял, что его руки и ноги связаны, а машина погружается в трясину и быстро наполняется мутной коричневатой водой. Ему вспомнилось о том, как он повстречался с Сонни и том, как его приняли в семью Корлеоне и это было последнее радостное воспоминание в его голове до того, как вода поглотила его вместе с машиной. Его тело так никогда и не было найдено. Ник Джерачи послал Майклу Корлеоне мертвого детёныша аллигатора с бумажником Тома Хейгена во рту, намекая на то, что Том Хейген спит с аллигаторами. Ему было 54 года.
Иными словами подразумевается, что за смерть Тома Хэйгана отчитались, но не факт что он убит. .
Возможно Джерачи увёз его куда-то и помог бежать.. .(в игре "Мафия" есть похожий персонаж-советник и похожая сцена заказа его боссом с последующей организации ему побега)
По фильму же след этого персонажа теряется, как отошедшего от дел консельери.
если не лень поразбираться, вот более подробная статья на английском
http://godfather.wikia.com/wiki/Tom_Hagen