Почему молекула, а не атом является мельчайшей частицей вещества?

Потому, что вещество, это набор атомов связанных друг с другом по определенному закону - а эти связи и образуют молекулу. Т. е. сам по себе набор атомов не является веществом. Однако, некоторые вещества являются немолекулярными и состоят из атомов образующих кристаллическую структуру ( напр. металлы) . Как-то так!