Нутрия ведёт полуводный образ жизни. Излюбленные места обитания — водоёмы со слабо проточной или стоячей водой: заболоченные берега рек, тростниково-рогозовые озёра и ольхово-осоковые болота с богатой водной и прибрежной растительностью. Сплошных лесов избегает, в горы (Анды) не поднимается выше 1200 м над уровнем моря. На архипелаге Чонос (Чили) живёт по берегам солёных и солоноватых водоёмов. Нутрия способна переносить морозы до —35° C, но к жизни в холодном климате в целом не приспособлена.
В природных условиях активна в основном ночью. Питается нутрия корневищами, стеблями и листьями тростника и рогоза. Дополнительный корм составляют камыш, водяной орех, кувшинки, рдесты. Животные корма (пиявок, моллюсков) поедает редко, при недостатке растительных.
Нутрия ведёт полукочевой образ жизни, оставаясь на месте при наличии кормов и убежищ. Отдыхает и выводит потомство в открытых гнёздах, устраиваемых на кочках и в густых зарослях из согнутых стеблей тростника и рогоза. В крутых берегах роет норы — от простых туннелей до сложных систем ходов. Убежище нутрии также можно найти по тропинкам, которые зверёк вытаптывает в окружающей растительности. Живут нутрии группами из 2—13 особей, состоящими из взрослых самок, их потомства и самца. Молодые самцы обычно живут поодиночке.
Нутрия отлично плавает и ныряет. Под водой может находиться до 10 минут. В жаркие дни она менее подвижна и обычно скрывается в тени. К обитанию в замерзающих водоемах не приспособлена — не строит надежного убежища от холода и хищников, не запасает на зиму кормов, как это делают бобр, ондатра и другие северные полуводные грызуны. Нутрия плохо ориентируется подо льдом, нырнув в прорубь, обычно не находит обратного выхода и погибает.
У нутрии хорошо развит слух — она настораживается даже при небольшом шорохе. Несмотря на кажущуюся неповоротливость, она довольно быстро бегает, делая при этом скачки, но быстро устает. Зрение и обоняние развиты хуже.