Можно, загрузочной флешка станет, но Windows с нее установить не выйдет (надо FAT32 или NTFS).
Та же проблема и с файловой системой UDF (да-да, под Windows можно невозбранно форматировать диски и флешки в UDF).
Так что придется форматировать :))
Алсо, "восстановление" флешки после Linux или Mac OS занимает считанные секунды (удалить все разделы через DiskPart и создать новый - даные, правда, потеряются) .
Алсо, действительно есть
официальный патч для поддержки exFAT в среде Windows XP.