usb модем работает не во всех usb портах, от чего это может быть? порты все рабочие

Если порты на передней панели то они подключены через переходники с проводами, ваш модем скорее всего стандарта USB 2.0, а то и выше там при обмене данными используется очень большая рабочая частота и при подключении через удлинитель либо переходники работоспособность устройства не гарантируется.