Могут ли быть проблемы если лечу в португалию с испанской визой, причем с пересадкой в мюнхене?

Пересадка в Мюнхене не важна, а вот конечный пункт прибытия важен, При получении визы Вы указывали адрес отеля или квартиры, где Вы собирались остановиться в Испании. А прилетев в Португалию, лучше предъявить билет в Испанию. Иначе это может быть воспринято, как введение в заблуждение миграционных властей. Лучше было прилететь в Испанию, а оттуда уже отправляться в любую страну ЕС