переделать сайт с MySQL на PDO

или вы что-то не поняли или вам кто-то криво объяснил.

все зависит от сколько в коде всего сайта мест с вызовом mysql
так как все эти придется переписывать под PDO, плюс, если при написании использовались сложные конструкции, присущие только mysql (а переход на PDO происходит из-за того что идет миграция на другую СУБД) , то возможно придется еще и переделывать логику скриптов.

если делать изначально, то разницы нет. так как это расширение и ничего не стоит, а для разработчика нет большой разницы какую прослойку использовать между базой и сайтом.
только если ты поставишь задачу что в любой момент может быть переключение с mysql на sqlite, то фактически те кто будут разрабатывать должны будут выполнить тестирования всего функционала на обоих СУБД (двойная работа - двойная оплата)

А смысл?
или вы планируете поменять базу данных?