Реестр - это некое объединение конфигурационных файлов ОС Windows. Подробнее:
Вики В ОС Linux конфигурационные файлы присутствуют, но реестром не называются и редактируются путем правки самих файлов или запуска скриптов с параметрами.
Фрагментация диска....Правильнее фрагментация файлов на диске. Представим: было 1000 файлов по 10 Мбайт, удалили каждый 2-й файл. Имеем область диска в которой чередуются свободные и занятые области размером по 10 Мбайт. Если попробовать записать файл больше 10 Мбайт, он будет занимать более одной области, то есть его данные будут ити не подрят, а фрагментами - файл станет фрагментированным.