На товаре в магазине поверх штрихкода был наклеен другой штрихкод, законно ли это?

Всё законно.
Если по "другому" штрих коду пробивается именно этот товар.
Взяли вы водку пшеничную 500мл. Производитель БЛАМБЛАМ. Просканировали штрих код - на сканере указано, водка пшеничная 500мл БЛАМБЛАМ.. .
А уж если сканируется коньяк - то это конечно не законно.. .
Бывает, что родной штрих код повреждён или просто не читается.. . Тогда и нужен ДРУГОЙ штрих код.