Откуда ХРЕН знает всё? Откуда такое выражение пошло?

Цепочка простая: «Хуй его знает! » - «Хер его знает! » - «Хрен его знает! »
Первая буква слова «хуй» в старой азбуке называлась «херувим» или кратко - «хер» . Отсюда глагол «похерить» - в первоначальном значении «перечеркнуть крест-накрест» .
Отсюда первый эвфемизм: слово из обсценной лексики заменялось первой буквой.
Со временем, слово «хер» начало приобретать такую же обсценность, как и слово-прародитель, и возник второй эвфемизм: замена слова «хер» на название овоща - «хрен» .
Так что, к овощу - никаких вопросов.
-------------
Кстати, комментарий к третьей заповеди абсолютно бестолков.
Прежде всего, она звучит в синодальном переводе «Не произноси имени Господа, Бога твоего, напрасно; ибо Господь не оставит без наказания того, кто произносит имя Его напрасно. »
Аналогично в церковнославянском тексте - «не вòзмеши имени господа бога твоего всуе»
Слово «напрасно» , или «не возмеши всуе» имеет смысл «ложно, во время клятвы» . То есть третья заповедь - запрет лжесвидетельствовать именем Бога.
Всё остальное, в том числе и написание «Б-г» - позднейшая средневековая раввинистическая традиция.