Как правильно написать имя София по-английски для загранпаспорта?

Имхо, это забота УФМС, а не ваша.

В соответствии с действующим стандртом напишут Sofiia. Если Вы захотите другое написание, то должны это обосновать наличием документов с Вашим написанием.

В таких международных документах в ходу не английский, а французский язык, там Sofie,но вам подойдет более точное - Sofia.

Я еще лучше придумал: Sauphyah.