Почему поезд метро периодически останавливается в тоннеле? Жуть какая-то...

Наверное, трупы подбирают. :)
А если серьёзно, поезд в тоннеле останавливается только по вине пассажиров. Дело в том, что остановка поезда на станции должна быть не более 20 секунд. Если процесс посадки­ высадки затянулся, следующий поезд должен "притормозить". Ничего страшного в этом нет.

Причиной нарушения графика движения поездов может являться неисправность подвижного состава или технических устройств метрополитена. В этом случае машинистом в поезде или работниками станции по устройствам громкоговорящего оповещения ведется информация для пассажиров о том, что поезда следуют с увеличенным интервалом.
Однако чаще всего затруднение движения происходит вследствие того, что на некоторых станциях с увеличенным пассажиропотоком пассажиры задерживают отправление поезда, что влечет за собой увеличение интервала и остановку в тоннеле следующих за ним поездов. Машинисты на станции вынуждены проверять на исправность устройство контроля дверей в вагонах, где пассажиры держат двери, таким образом, увеличивая отклонение от графика движения поездов и задерживая последующие поезда.
Так же состав в тоннеле может останавливаться по указанию поездного диспетчера (из впередиидущего поезда на станции извлекают бесхозные предметы, удаляют хулиганов, выводят пассажира для оказания медицинской помощи и др.).
Справки об опоздании, в связи с нарушением графика движения поездов, Вы можете получить в производственно-техническом отделе Службы движения по рабочим дням с 8:00 до 17:00 по адресу: Москва, ул. Гиляровского, дом 37 (ст. «Проспект Мира» -радиальная). Телефон: (495) 688-0600.

Всё из-за Вас, уважаемые пассажиры... У меня на этот счёт есть хорошая статья https://zen.yandex.ru/media/id/5d9661e96d29c100b113e303/pochemu-poezda-stoiat-v-tonnele-5d98ea3e32335400b1601693