Чем по функциональности отличаются портативные версии программ от обычных?

огромное значене имеет кто делал портативную версию.
если сам разработчик программы либо она выполнена в тесном сотрудничестве с разработчиком в рамках давно работающих проектов с устоявшейся репутацией (типа http://portableapps.com/apps/) то скорее всего разницы в функциональности не будет. Хотя и здесь есть нюансы и кое-что (как уже писали как пример -ассоциация файлов) возможно придется руками добавлять. Ну и напимер портативный Хром от того же PortableApps.com лишен функции автообновления и обновляться надо вручную.
если же портативка сделана на коленке неизвестно кем - лотерея - может все нормально работать, а могут некоторые функции отваливаться.. .или еще чего похуже.