Украли рабочие деньги, удержат ли у меня с з/п

Если докажут, что ты к этому как-то причастен, то да.

Кража - это ТАЙНОЕ хищение чужого имущества.
Применительно к вашей работе, очень НЕ ПОНЯТНО, КАК у вас ЭТО могло произойти?
Судя по всему и в полицию об этом преступлении Вы не сообщили, так? Поэтому и дело уголовное не возбудили и преступника никто не ищет. А значит отвечать придётся ВАМ.

через суд

Не хотите подать заявление о краже?