Как переместить папку Program Files на диск D\ и сделать её по умолчанию уже там?

Перемещение папки Program Files не рекомендуется:
http://support.microsoft.com/kb/933700

Но есть вариант с монтирование через линк:
http://www.vistaheads.com/forums/microsoft-public-windows-vista-installation-setup/11016-how-move-program-files-another-drive-partition.html

Другой вариант - подмонтирование другого тома как директории Program Files

Несколько устаревшая информация по профилям:
http://support.microsoft.com/default.aspx/kb/236621/
http://support.microsoft.com/default.aspx/kb/314843/

В принципе профиль пользователя всегда можно переместить из оснастки управления профилями в любое место.