Я сделала домашнюю нутеллу, но она вышла очень густой и простояв в холодильнике более 3 часов жидкой не стала, еще я не

Судя по описанию вы её "перекипятили".
Такие вещи делаются на очень-очень слабом огне. при минимальном кипении.
И конечно же постоянном помешивании.
Спасти может наверное только - молоко. Это единственный "жидкий" ингредиент в нутелле...
Попробуйте переложить готовую массу опять в кастрюлю. Поставить на слабенькую температуру. и как только "затрещит" - начнутся признаки нагревания - тоненькой струйкой вливайте молочко при постоянном, но не сильном помешивании.
Вливайте на глазок. Нужно чтобы получилось жидковато.
Потом при помешивании доведите до кипения - слабенького и потомите минут 5.
Надеюсь это поможет.
Только сахар не добавляйте! Судя по описанию вы и его переложили - и это вкупе с перекипанием и дало эффект "загустения" превышающего норму.