На самом деле все намного проще.
В древности (потом и на Руси тоже) головной убор носили замужние женщины - это был показатель ее семейного статуса, что у нее есть муж, и приключений она не ищет. Понятно, что и в церковь ходили так же. К девушкам это не относилось, а тем более к маленьким девочкам.
Сейчас символ семейного статуса - обручальные кольца.
А по поводу церкви - мне кажется, что просто не стали разбираться, в чем дело. Гораздо проще сказать, что обязательно всем.