Быстрее будет для всех слоев так - волшебной палкой выделяем весь нужный цвет во всех слоях одновременно (за один раз) , создаем пустой слой на самом верху и заливаем его нужным цветом.
На примере - желтый цвет (фон) у слова "кед" заменен на красный. Оригиналы сохраняются.

Настройки палки

к примеру. Как сразу поменять все чёрные цвета #000000 на серые #999999
Использую Adobe Photoshop CC