Что такое калькуляция и как она рассчитывается?

Калькуляция-это просто расчет и в зависимости от цели она может быть разная

"Прокалькулировать" - просто осовремененный термин "обсчитать". Происхождение обоих слов понятна: были счёты - обсчитывали; стали калькуляторы - калькулируют.
"Заняться калькуляцией" - просто всё обсчитать, свести, разложить по полочкам. Как правило применяется по отношению к финансовым бумагам. Но можно прокалькулировать и расход бетона на фундамент...