куда отнести комиссию банка

счет 91.4

Туда же и относи. Главное настроить проводку в программе, чтобы она автоматически комиссию банка включала в книгу расходов.

Я и везде отношу на 91,2. Думаю это не ошибка, во всяком случае аудиторы ничего не говорили во время проверки

Правильно, конечно, на 91. Но 1-С УСН тогда к расходам не берет эту самую комиссию. Я делаю проще - на сч. 60 и акт выполненных работ от банка в поступлении. Хотя это и некорректно, но в книге учета доходов и расходов счетов нет, а отражается все нормально. Опять-таки при УСН обязательно ведутся только касса, банк и подотчет. так что нареканий не должно быть ни у какой проверке.