NTFS, конечно, лучше.
Более устойчивая, надежная, за счет и используемого в ней механизма транзакций.
Предоставляет возможности квотирования места на диске для разных пользователей, разграничения прав доступа к файлам, шифрования.. .
У меня все разделы NTFS.
Имея нормальный загрузочный диск (драйверы под DOS) с NTFS можно работать и из под DOS и из Win9x.
--
FAT32 - file allocation table
NTFS - new technology file system