Нужно ли начислять в программе 1 с аванс по налогу УСН? Или начисляется только сам налог в конце года?

Нет, в программе вы только проводиет оплату аванса, а в конце года в декларации с общей суммы налога сминусуете свои авансовые платежи и остаток заплатите.