Все файлы на носителях хранятся в двоичном коде?

Факт. 10101010 =)

Ну а в каком еще то! посмотреть ты их можешь и в 16ном

На всех кроме бумажных

да, почти на всех носителях двоичные коды
очень редко используется друге
http://www.youtube.com/watch?v=6rQyBMJRC_Y вот на Жеском диске

Для
долговременного хранения информации используется долговременная
(внешняя) память. Устройство, которое обеспечивает запись и считывание
информации, называется накопителем, или дисководом, а хранится информация на носителях
информации. Информация на носителях хранится в двоичном компьютерном коде, т. е. в форме последовательностей нулей и единиц.
Дискеты. Внутри пластмассового корпуса дискеты размещается гибкий магнитный диск.
Информация на диске хранится на концентрических дорожках, на которых
чередуются намагниченные и ненамагниченные участки. Намагниченный
участок хранит компьютерную единицу «1», а ненамагниченный –
компьютерный нуль «0».

Для
записи или считывания информации дискета вставляется в дисковод,
который вращает диск внутри пластмассового корпуса дискеты. Магнитная
головка дисковода устанавливается на определенную концентрическую
дорожку диска и производится запись или считывание информации. В оптических
дисководах используется оптический принцип записи и считывания
информации. Информация на оптическом диске хранится на одной
спиралевидной дорожке, идущей от центра диска к периферии и содержащей
чередующиеся участки с хорошей и плохой отражающей способностью.
В
процессе считывания информации с оптического диска луч лазера,
установленного в дисководе, падает на поверхность вращающегося диска и
отражается. Так как поверхность оптического диска имеет участки с
различной отражающей способностью, отраженный луч также меняет свою
интенсивность и преобразуется в цифровой компьютерный код.
Существует два типа оптических дисков:
· CD- диски (CD- Compact
Disk, компакт-диск) , на которые может быть записано до 700 Мбайт информации.
· DVD-диски (DVD- Digital
Versatile
Disk, цифровой универсальный диск) , которые имеют
значительно большую информационную емкость (4,7 Гбайт и более) , так как
оптические дорожки на них имеют меньшую толщину и размещены более
плотно. Энергозависимая
память применяется для долговременного хранения информации и не требует,
в отличии от оперативной памяти, подключения источника электрического
напряжения. Такая память не имеет движущихся частей и поэтому
обеспечивает высокую сохранность данных при использовании в мобильных
устройствах (портативных компьютерах, цифровых камерах и т. д. ) .
информационная емкость flash – памяти может достигать 1 Гбайт и более.
Карта энергозависимой памяти представляет собой БИС памяти,
помещенную в миниатюрный плоский корпус. Существуют различные типы
карт, которые различаются между собой формой и размером.
Для
записи и считывания информации с карт памяти используются специальные
адаптеры. Адаптеры встраиваются в мобильные устройства (портативные
компьютеры, цифровые камеры и др. ) или подключаются к настольным
компьютерам с помощью USB разъема.

На современных - обычно да. Раньше пробовали эксперементировать с другими системами (например - с троичной) , но быстро выяснилось, что перевод из одной системы в другую дает неслабый оверхед и снижает надежность записи. К тому же увеличивать плотность записи оказалось гораздо дешевле и проще, чем анализировать сложный многоразрядный сигнал.
А вот для передачи данных с носителя в память могут использоваться и не двоичные интерфейсы.