Недавно вылупившиеся крокодильчики питаются насекомыми и водными беспозвоночными, довольно быстро переходя на амфибий, рептилий и птиц. Рацион даже взрослых крокодилов на 70 % состоит из рыбы и других небольших позвоночных, несмотря на то, что крокодил может съесть практически любое животное, пришедшее на водопой, за исключением взрослых слонов и бегемотов. Нильский крокодил поедает также падаль, хотя избегает гнилого мяса. Группа крокодилов может уйти на сотни метров от берега, чтобы добраться до трупа крупного животного.
Взрослый крокодил использует своё тело и хвост, чтобы оттеснить стаю рыб к берегу, и съедает её быстрым движением головы. Крокодилы также могут объединяться в группу и блокировать мигрирующую рыбу, становясь полукругом поперёк реки. При этом доминирующие крокодилы едят первыми.
Известно, что нильские крокодилы могут успешно нападать на зебр, антилоп, буйволов, молодых бегемотов и носорогов, жирафов, бородавочников, гиен, обезьян, кошачьих, а также на других крокодилов. Возможность почти полностью скрываться под водой в сочетании с высокой скоростью на коротких дистанциях делает крокодилов хорошими охотниками на крупную добычу. Они захватывают её мощными челюстями, утягивают в воду и держат там, пока она не утонет. Когда добыча мертва, они отрывают от неё куски и глотают. При дележе совместной добычи координируют усилия, чтобы разорвать тело, а также могут с этой целью заталкивать его под коряги или камни.
